La Unión Deportiva Almeria, coneguda comunament com a UD Almeria, es va constituir el 26 de juliol de 1989. La Club de futbol va sorgir de les cendres de clubs predecessors locals com l'AD Almeria que havien patit dificultats econòmiques. Font.
En els seus primers anys, el club va lluitar en els nivells inferiors del sistema futbolístic espanyol fins que va aconseguir l'ascens a Segona Divisió B (tercera categoria) al final de la temporada 1994-95. La següent campanya va ser memorable per als Rojiblancos, ja que van aconseguir una plaça als playoffs però malauradament es van perdre l'ascens a segona divisió.
Un dels jugadors destacats durant aquests anys de lluita va ser Juan Rojas, que més tard va exercir com a president del club fins al 2013. La seva contribució va tenir un paper important en el creixement de l'equip al llarg del temps.