A Unión Deportiva Almería, comumente conhecida como UD Almería, foi fundada em 26 de julho de 1989. A clube de futebol emergiu das cinzas de clubes antecessores locais, como o AD Almería, que sofreram dificuldades financeiras. Fonte.
Em seus primeiros anos, o clube lutou nas camadas inferiores do sistema de futebol espanhol até ser promovido à Segunda División B (terceira divisão) no final da temporada 1994-95. A campanha seguinte foi memorável para o Los Rojiblancos, que conseguiu garantir uma vaga nos playoffs, mas infelizmente perdeu a promoção à segunda divisão.
Um dos jogadores notáveis durante esses anos difíceis foi Juan Rojas, que mais tarde serviu como presidente do clube até 2013. Sua contribuição desempenhou um papel significativo no crescimento da equipe ao longo do tempo.