Unión Deportiva Almería, joka tunnetaan yleisesti nimellä UD Almería, perustettiin 26. heinäkuuta 1989 Jalkapalloklubi nousi taloudellisista vaikeuksista kärsineiden paikallisten edeltäjäseurojen, kuten AD Almerían, tuhkasta. Lähde.
Alkuvuosinaan seura kamppaili Espanjan jalkapallojärjestelmän alemmilla tasoilla, kunnes se nousi Segunda División B:hen (kolmas taso) kauden 1994-95 lopussa. Seuraava kampanja oli mieleenpainuva Los Rojiblancosille, sillä se onnistui varmistamaan paikan pudotuspeleissä, mutta valitettavasti jäänyt ilman nousta toiseen divisioonaan.
Yksi merkittävimmistä pelaajista näinä vaikeina vuosina oli Juan Rojas, joka toimi myöhemmin seuran puheenjohtajana vuoteen 2013 asti. Hänen panoksellaan oli merkittävä rooli joukkueen kasvussa ajan myötä.