Villarreal Club de Fútbol, joka tunnetaan yleisesti nimellä Villarreal CF tai yksinkertaisesti Villarreal, perustettiin 10. maaliskuuta 1923. Valencialaisessa yhteisössä sijaitsevan pikkukaupungin Vila-realin joukkueen perusti jalkapallon harrastajaryhmä, jota johtivat José Calduch Almela ja Francisco. Roig Ballester lähde. Alun perin CAF Villarreal nimetty paikallisen maatalousliiton mukaan, mutta viisi vuotta myöhemmin se muutti nimensä CD Villarrealiksi.
Vietettyään useita vuosikymmeniä pelaten pääasiassa amatööri- ja aluejalkapalloa, he nousivat hitaasti Espanjan alempien divisioonien läpi 90-luvun ajan. Heidän ensimmäinen ylennyksensä La Ligaan tuli vuonna 1998 manageri José Antonio Iruleguin johdolla lähde. Huolimatta putoamisesta debyyttikauden jälkeen, he palasivat vahvempina kaksi vuotta myöhemmin avainpelaajien, kuten Marcos Sennan, johdolla menestyksekkäälle aikakaudelle.